Le directeur de l'IHU Méditerranée Infection Didier Raoult en sa demeure, le 3 juin 2020. | Christophe Simon / AFP
Le directeur de l'IHU Méditerranée Infection Didier Raoult en sa demeure, le 3 juin 2020. | Christophe Simon / AFP

Le Covid-19 a fait basculer la recherche dans le «binge-publishing»

La pandémie a provoqué une frénésie de publications scientifiques contournant l'exigence de la «peer review».

Si l'épidémie de Covid-19 a bouleversé un certain nombre d'aspects de notre vie quotidienne, numérique et économique, il existe un autre domaine où elle a apporté de vrais changements: celui de la publication scientifique à portée médicale.

En quelques mois, la recherche est entrée dans l'ère de ce que l'on pourrait appeler le binge-publishing, avec l'essor des plateformes de prépublication (preprint) mais aussi de publications évaluées de faible qualité, parfois très rentables.

Boom des «preprints»

Il est d'usage que les scientifiques soumettent un article présentant les résultats de leurs recherches à une revue. Si celle-ci l'accepte, elle le fait relire par un comité de pairs (les reviewers), qui peut demander à ce que le texte soit retravaillé avant publication. Nommée peer review, cette procédure est censée garantir la qualité des études publiées. Une fois parus, les articles sont généralement payants.

Mais depuis quelques années, avec l'émergence du mouvement des sciences ouvertes promouvant le partage des connaissances, les serveurs de prépublication se sont développés. Les équipes de recherche peuvent y déposer leur papiers en détournant la peer review initiale; ils seront ensuite commentés directement sur la plateforme ou sur PubPeer.

Les résultats des preprints sont susceptibles d'être largement diffusés au grand public. Or, le public peut ne pas être en mesure d'évaluer la qualité de l'information.
Clara Locher, Praticienne Hospitalière Universitaire en pharmacologie clinique

Pour Mathieu Rebeaud, doctorant en biochimie, «l'intérêt des serveurs de preprints est de protéger son travail. Le reviewing et le partage des informations sont en général assez longs dans le journal auquel on soumet –environ six mois dans un cas classique. En mettant son article sur un serveur, on peut parfois capter l'intérêt d'autres scientifiques et ainsi protéger ses propres découvertes, en montrant qu'on est le premier à avoir obtenu tel ou tel résultat».

Si cette pratique a été adoptée assez précocement en mathématiques ou en biologie, les sciences médicales étaient jusqu'à la crise du Covid-19 plus réticentes à faire usage des preprints, du fait du caractère sensible des données présentées.

«Les résultats des preprints sont susceptibles d'être largement diffusés au grand public. Or, le public peut ne pas être en mesure d'évaluer la qualité de l'information et adopter par conséquent un comportement à risque pour sa santé. D'ailleurs, le site medRxiv [un serveur de prépublication en recherche médicale, ndlr] précise qu'ils “ne devraient pas être traités par les médias comme une information établie”», souligne Clara Locher, praticienne hospitalière universitaire en pharmacologie clinique, qui lance avec son collègue Florian Naudet une étude sur le sujet.

L'existence de medRxiv est récente: le service a été lancé en août 2019. «L'épidémie de Covid a accéléré le recours aux serveurs de preprints, avance la chercheuse. Rien que sur medRxiv, on compte à ce jour 5.355 articles publiés sur la thématique Covid, auxquels il faut ajouter les 1.046 postés sur la plateforme bioRxiv [dédiée à la biologie, ndlr].»

La science pour les nuls

Le vrai problème que semble poser l'explosion des preprints durant la pandémie est leur partage, notamment sur les réseaux sociaux, et leur viralité.

Le grand public, mais également les journalistes voire des médecins pas toujours très au fait de la dimension préliminaire de l'information donnée en prépublication, ont eu tendance à prendre leurs conclusions pour argent comptant.

Des petites études en faveur de l'efficacité de l'hydroxychloroquine ont été mises en avant sur les réseaux, mais jamais publiées après coup.
Mathieu Rebeaud, doctorant en biochimie

Résultat: beaucoup de cafouillages et de données contradictoires sans usage du conditionnel, que ce soit en matière de traitements, de modes de diffusion du coronavirus ou de prévention.

Les preprints ont également pu être vecteurs de fake news, déplore Mathieu Rebeaud, qui a suivi de très près ces publications dès le début de l'épidémie: «Certains papiers ont été retirés au stade de preprint, à l'image de l'étude du professeur Perronne, qui a été mise en avant par Didier Raoult. Des petites études en faveur de l'efficacité de l'hydroxychloroquine ont été mises en avant sur les réseaux, mais jamais publiées après coup. Des résultats fantaisistes sur la bactérie Prevotella ont envahi le débat, suggérant que le SARS-CoV-2 était plus dangereux en présence de cette bactérie.»

Ce constat pointe sans doute l'une des limites de la science ouverte, tout particulièrement lorsqu'elle intéresse un public peu éduqué à la notion de doute et en mesure de «favoriser la dissémination d'informations de maigre qualité».

Du côté de la recherche hospitalière mais également des essais de grande ampleur (comme RECOVERY) et de la recherche industrielle, on note un usage intensif du communiqué de presse qui, s'il ne remplace pas forcément le preprint, le précède.

L'étude de l'AP-HP sur le tocilizumab a par exemple donné lieu à une communication avant même une publication scientifique; cette dernière n'a pas vu le jour, puisque le comité indépendant de surveillance et de suivi des données a démissionné.

Si elle n'est pas nouvelle, cette pratique pose particulièrement question lors d'une crise aussi grave et dans un contexte où les molécules et vaccins sont produits par des laboratoires cotés en Bourse, les cours étant sujets à de fortes variations provoquées par les effets d'annonces.

Publications et points Sigaps

Il est un autre versant assez sombre de la science médicale que la crise du Covid-19 a porté à la connaissance d'un public plus large: le mécanisme des points Sigaps (pour «Système d'interrogation, de gestion et d'analyse des publications scientifiques»), qui se transforment en euros sonnants et trébuchants pour les établissements de santé menant des travaux de recherche.

Ce système est directement lié à la tarification à l'activité (T2A) mise en place en 2004. Il s'agit d'un mode de financement unique des établissements de santé, publics et privés, reposant sur une logique de mesure de la nature et du volume des activités, et non plus sur une autorisation de dépenses.

Dès que l'on parle d'argent, on peut biaiser le système.
Professeur Francis Berenbaum, chef du service de rhumatologie de l'Hôpital Saint-Antoine (Paris)

«Dans beaucoup d'établissements publics, de nombreux personnels médicaux consacrent du temps à la recherche et à l'enseignement, ce qui réduit le temps passé au soin», indique le professeur Francis Berenbaum, chef du service de rhumatologie de l'hôpital Saint-Antoine et responsable des équipes du Centre de recherche Saint-Antoine, à Paris.

«Dès lors, le Sigaps permet d'équilibrer les moyens et de valoriser l'activité de recherche et d'enseignement, poursuit-il. Il s'appuie sur les publications de l'équipe, avec un calcul basé à la fois sur le facteur d'impact et la notoriété de la revue et sur le rang du personnel dans les auteurs du papier. Chaque point Sigaps a une valeur de 648 euros donnés par le ministère de la Santé aux établissements –ce qui permet de combler une part des déficits des hôpitaux. Puis, hôpital par hôpital, il y a une négociation pour que l'argent soit fléché vers les équipes publiantes.»

En toute logique, si une équipe publie un certain nombre d'articles dans des revues bien classées, elle rapporte une somme conséquente à son hôpital. Mais la T2A a ses limites: «Dès que l'on parle d'argent, on peut biaiser le système», regrette Francis Berenbaum.

Le désormais célèbre Institut hospitalo-universitaire (IHU) Méditerranée Infection de Marseille, dirigé par le professeur Raoult, pourrait bien constituer un exemple de contournement des règles du jeu.

Beaucoup de publications de son équipe de recherche sont parues dans la revue New Microbes and New Infections, créée en 2013 et éditée par le groupe Elsevier. Ce titre paraît en quelque sorte être juge et partie: plusieurs scientifiques du laboratoire de l'IHU font partie du comité éditorial dirigé par le professeur Michel Drancourt, lui-même à la tête de l'unité de recherche Microbes, évolution, phylogénie et infection (Mephi) et bras droit de Didier Raoult.

«Il est tout à fait possible d'envoyer son article à son propre journal: l'éditeur doit alors faire appel à des reviewers indépendants. Cela prend un certain temps, néanmoins, explique le professeur Berenbaum. Mais dans le cas de l'IHU et de New Microbes and New Infections, le temps entre la soumission et la publication est extrêmement court, parfois un ou deux jours, ce qui ne permet pas un reviewing en bonne et due forme.»

«En outre, la somme de publications est impressionnante et leur qualité est très faible –parfois des actes de colloque, parfois des auto-citations», continue le médecin. De fait: entre 2016-2020, Didier Raoult a cosigné 234 papiers dans New Microbes and New Infections, soit un tiers de son total pour cette période et 8% du total de ses articles depuis quarante-et-un ans.

Dès lors que ces publications paraissent, elles rapportent de l'argent à l'AP-HM auquel est rattaché l'IHU, et une partie –environ 20% selon les sources, mais les calculs sont opaques– est directement reversé à l'institut. «Est-ce un détournement d'argent public ou bien juste un manque d'éthique personnelle? À vous de juger», conclut le professeur Berenbaum.

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